La liberté est une vertu chérie, tout spécialement en occident et particulièrement en France, démocratie et pays des droits de l'homme. Les appels à la liberté attirent toujours notre attention et notre sympathie. Les défenseurs des médecines alternatives ont utilisé ce fait à leur avantage, essayant de dépeindre leur combat comme un exemple de lutte pour la liberté. Les sectes manient aussi habilement ce concept mais sans avoir réussit à tromper les parlementaires sur leurs buts cachés.
Placer ce débat autour de la liberté de choix est pourtant une tromperie délibérée. Les médecins généralistes et les pharmaciens sont des adhérents avisés des droits de leurs patients, ainsi que de leur liberté de choix dans leur médecine. Néanmoins, certains voudraient confondre cette liberté avec la liberté des charlatans d'arnaquer et de tromper les patients. Personne ne devrait avoir le droit de se présenter comme médecin ou pharmacien compétent lorsqu'il ne l'est pas, ou de proposer au public des remèdes n'ayant pas un minimum d'efficacité et de sécurité.
Ses défenseurs argumenteront en disant que les patients peuvent lire les "étiquettes", examiner les preuves, s'informer sur la médecine alternative et décider par eux-mêmes de leur choix, de leur médecine. Ceci est tout simplement irréaliste. Chaque patient ne peut et n'a pas le temps d'acquérir une éducation médicale lui permettant de se protéger des charlatans, des thérapies nuisibles ou des traitements inutiles, on ne peut pas non plus lui demander de le faire même si cela est la meilleure solution. De même qu'on ne peut pas demander à un conducteur d'être excellent mécanicien dans le but de s'assurer que la voiture qu'il a acheté est sûre et en bon état, ou ingénieur pour s'assurer que le pont sur lequel il roule ne s'écroulera pas.
Il existe un système en place garantissant que l'application d'un médicament, d'une procédure, ou le respect des consignes soit sûr et efficace. Il existe des normes de soins et des directives de pratiques basés sur les meilleures preuves scientifiques valables. Les praticiens de la médecine alternative voudraient contourner ce système au nom de la liberté, d'une liberté de choix. Ce qu'ils défendent en réalité est leur propre liberté de pratiquer une médecine sans aucune formation, sans le "fardeau" des études et des années de travail nécessaires à une pratique sûre, efficace et sans danger, et surtout pour s'assurer de ne pas faire plus de mal que de bien. Ces charlatans de la médecine prônent en fait une liberté leur permettant d'engranger les bénéfices de leur pratique : l'argent et la "reconnaissance", sans avoir à en subir les inconvénients : les études, les (coûteuses et longues) recherches et les (difficiles et parfois rebutantes) connaissances scientifiques.